Στο Τμήμα Γεωπονίας λειτουργούν οι παρακάτω επιτροπές που αφορούν την οργάνωση και λειτουργία του παρόντος Προπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών:
1. Επιτροπή Στρατηγικού Σχεδιασμού, με αρμοδιότητα τη χάραξη της στρατηγικής που θα ακολουθήσει το Τμήμα τα επόμενα χρόνια, και στη συνέχεια την παρακολούθηση και αξιολόγηση της υλοποίησής της.
2. Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών, η οποία παρακολουθεί το πρόγραμμα σπουδών και εισηγείται τυχόν αναθεωρήσεις.
3. Επιτροπή Εξωτερικής Αξιολόγησης του Προπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών του Τμήματος Γεωπονίας, η οποία είναι υπεύθυνη για τη σύνταξη της αίτησης πιστοποίησης και την παρακολούθηση της πορείας πιστοποίησης του προγράμματος σπουδών.
4. Επιτροπή Πρακτικής Άσκησης και Επιτροπή Ενστάσεων Πρακτικής Άσκησης οι οποίες ενημερώνουν τους/-ις φοιτητές/-τριες σχετικά με τη δυνατότητα εκπόνησης πρακτικής άσκησης και συμμετοχής τους για χρηματοδότηση μέσω του προγράμματος ΕΣΠΑ.
5. Επιτροπή Κατατακτήριων Εξετάσεων, η οποία είναι συντάσσει εισηγητική έκθεση προς τη Συνέλευση για την εγγραφή των υποψηφίων στο Πρόγραμμα Σπουδών, σύμφωνα με το άρθρο 8 του παρόντος.
6. Επιτροπή Μετεγγραφών, η οποία εξετάζει τις περιπτώσεις μετεγγραφών και εισηγείται σχετικά στη Συνέλευση του Τμήματος.
7. Επιτροπή Φοιτητικών Θεμάτων, η οποία εξετάζει αναστολές φοίτησης, διαγραφές φοιτητών κ.λπ. και εισηγείται σχετικά στη Συνέλευση του Τμήματος.
8. Επιτροπή Διεθνών Σχέσεων και Erasmus, με αρμοδιότητα α) την παρακολούθηση και αύξηση της κινητικότητας φοιτητών για σπουδές και πρακτική άσκηση με το πρόγραμμα Erasmus, καθώς και μελών της ακαδημαϊκής κοινότητας από και προς Ιδρύματα εσωτερικού και εξωτερικού, β) τη συνεχή διεύρυνση των διεθνών σχέσεων του Τμήματος και την αύξηση του αριθμού των διμερών συνεργασιών καθώς και γ) τη συνεχή διεύρυνση των σχέσεων συνεργασίας του Τμήματος με παραγωγικούς και διαχειριστικούς φορείς του αγροδιατροφικού τομέα, σε τοπικό, περιφερειακό, εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο κ.ά.
9. Επιτροπή ΟΜΕΑ, η οποία μεριμνά για την αξιοποίηση των αποτελεσμάτων που προκύπτουν από την αξιολόγηση των φοιτητών μέσω των σχετικών ερωτηματολογίων, τη διαρκή επιθεώρηση του ΠΠΣ μέσω των ετησίων εσωτερικών εκθέσεων, τη συνεργασία της με την ΜΟΔΙΠ του Ιδρύματος κ.ά.
10. Επιτροπή έρευνας, η οποία μεριμνά για τη διαμόρφωση ερευνητικής στρατηγικής εναρμονισμένης με παραγωγικούς και διαχειριστικούς φορείς σε τοπικό, περιφερειακό, εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο.
Επίσης, στα πλαίσια προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών, εκπόνησης διδακτορικών σπουδών και μεταδιδακτορικής έρευνας λειτουργούν επιτροπές, σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στους αντίστοιχους κανονισμούς.